L'ombre de la guerre plane en campagne où depuis des années déjà, des norias de soldatesques traversent la Comté.
Des suisses allant servir le roi de France, des italiens de retour des Flandres font ''grand dommage dans les villages''.
Le problème est que ces troupes sont de plus en plus nombreuses et fréquentes.
En novembre 1577, on ordonne pour une armée espagnole ''comprenant 17 compagnies de chevaux, 27 d'infanterie, il faut à chaque étape par homme 2 livres de pain blanc, 1 livre de bœuf, ½ livre de mouton ou de veau, 3 chauceaux de vin; aux chevaux 1 livres de foin et 3 picotins d'avoine, de 6 à la mesure de Dole ''.
Malheur aux villages qui sont sur leurs chemins.
Au passage des troupes, il faut ajouter les bandes de vagabonds, d'éclopés, de déserteurs et de pillards qui, à tout moment apparaissent sur les chemins menant au village.
Un édit du 12 mars 1579 permet aux habitants de s'assembler en armes et de sonner le tocsin, ''pour courir sus aux voleurs et brigands qui circulent par bandes''.
Dans chaque village est institué un ''chef d'expédition'' contre eux et leurs dépouilles et biens appartiennent à ceux qui les arrêteront...
A partir de 1582, ces contacts apportent la peste qui a de nouveau endeuillée le village.
Il ne reste que cinq familles en 1594 mais la chapelle est restaurée puis bénie,
le tableau de Bénigne Sambin orne désormais ses boiseries.
La Franche-Comté est alors protégée par l'Espagne (Philippe II), rattachée administrativement aux Pays-Bas et gouvernée de Bruxelles.
Les officiers d'intendance de l'armée espagnole qui réquisitionnent vivre, argent et bétail aux paysans, montre l'ordre des richesses de Coulans car le village doit donner deux moutons et le curé 440 kg de froment.
Déjà, les forges de Scey-en-Varais fabriquent des armes et munitions.
Au début de l'année suivante, c'est la catastrophe et tout va s'accélérer:
Le 24 janvier 1595, Henry IV déclare la guerre à l'Espagne et pénètre en Comté,
son armée grossit à 10000 hommes avec des locaux pillant les chevaux.
Il a pour objectif les salines de Salins, au grand malheur de Coulans.
Le 5 mars, c'est Pierre d'Esterno qui dirige la défense de Salins alors que
12000 soldats de Philippe II entrent en comté à son secours.
Le 5 juin, Quingey est incendiée, Le 1 août, un détachement français attaque Ornans mais les ornanais les repoussent, le 4 août, Arbois tombe avec plus de 300 morts.
Le 5 août , le pont de Chiprey (à la charge de Lizine) est coupé pour ralentir les français et protéger Salins, le 12 août, Poligny évite le saccage contre bijoux, vaisselle et reliquaire des églises; ce n'est qu'à la fin de ce terrible mois d'août qu'Henry IV quitte la Comté après un second siège raté de Salins.
les villages sont en grande misère, seuls Salins et Sainte-Anne ont tenus.
Voici les témoignages de paysans lors de leurs demandes de compensations:
« Le passage et repassage des compagnies (espagnoles avec écharpes rouges) ayant commis plusieurs levées de gens pour la garde des forteresses, la plus grande partie des habitants a été contraint d'abandonner leurs maisons. Plusieurs autres compagnies ayant pris plusieurs des logements aux villages avec tel travail et frais qu'il se voit aussi la plus part réduit en grande misère et calamités, aux uns contraints de quitter et abandonner le lieu, les dits ennemis (français avec écharpes blanches) ont courus jusque rière eux, y ravager, piller, saccager jusqu'aux meubles qu'étaient dans les églises. Fait prisonnier aux uns, tuer, battre et mutiler avec toutes les inhumanités que l'on ne peut dire. La plus part des juments ont été enlevées par l'une ou l'autre des gendarmeries, les bœufs, les vaches, brebis, moutons en grand nombre. »
« L'invasion et hostile entrée de l'ennemi en l'année 1595 a rapporté indicibles pertes et dommages, ravages, emprisonnements, feux et autres par lesdits ennemis. Les ravages des compagnies qui se sont fait audit pays et avait réduit le pauvre peuple en grande misère et calamités, fait cesser quasi par toute l'année les commerces, trafics, comme aussi les caractères de justice, tenues des foires. »
Ces soldats laissent la peste en souvenir dans la vallée dès le mois suivant...